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单细胞RNA测序:技术要点与实践

课程简介:

单细胞RNA测序技术的发展趋势;单细胞悬液的制备及冻存方法;流式分选对单细胞测序实验的有效帮助;如何通过优选实验方案来减少扩增偏向;实验质控和记录的注意事项;性价比更高的单细胞文库测序平台DNBseq

课程问题解答:

Q:怎么去除双胞的数据? 

A:没有绝对准确的办法识别双胞数据。10x建议有以下两个方案:1. One could infer doublets in a single species case if there are known cell-type specific markers. 2. One could also evaluate the R package, Seurat, which has some functionality for flagging cells with a clear outlier number of UMIs or genes detected. 即通过细胞特异marker识别,或过滤掉检出基因数过多的细胞。

Q:10x一条line测序大概可以测多少个细胞?双胞率多少正常?对于双胞率过高的,具体怎么处理? 

A:在数据饱和的前提下,检出细胞数取决于上样细胞数及细胞悬液质量。双胞率可参考官方技术手册。

Q:流式法和磁珠法分选细胞,有何优劣势?

A:MACS操作相对简单,设备成本低,细胞回收效率较低。FACS则可以同时检测多个标记,分选纯度更高。华大科技引进的SONY流式细胞分选平台,在保证分选纯度的同时,通过专利技术降低分选过程对细胞的损伤,并支持各种收集管耗材,还可以实现索引分选。