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市场活动

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产品促销

Product promotion

BGISEQ真核转录组测序V2.0,不只是PE150

品质全面超越,强者不惧挑战

 “核心技术自己掌握”,多年前看似一句不可能的口号,经过时间的检验,华大自主测序平台从无到有,从有到优,背后是团队秉持信念的坚持,是夜以继日的打磨。

从首台测序仪,到首款量产测序仪,再到日生产能力最强的测序仪。自主测序仪的性能在不断精进,测序结果更加准确。从首款RNA-Seq的SE50,到真核转录组PE100,再到今天的PE150。产品的品质不只是一个读长的改变,从样品建库到上机测序,从下机数据到信息分析,每个环节丝丝相扣,都被我们一一攻克——BGISEQ真核转录组PE150测序产品,搭配优化后的长片段文库和Dr. Tom交互式报告系统,建库+测序+分析的1站式组合升级,打造产品5A品质:优质/稳定/高效/安心/自由:

优质:数据质量全方位对标,更优质;

稳定:多物种重复性能如一,更稳定;

高效:建库2天,测序4天,更高效;

安心:无index hopping,更安心;

自由:Dr. Tom个性化分析,更自由。

 

高品质,用数据告诉您:

一、BGISEQ真核转录组PE150测序集合多重优点,全方位测评无死角

PE150测序对结构检测和组装长度都有益处。对于有参物种,可变剪接、基因融合鉴定等针对转录本结构的检测更敏感更准确,检测到更多的变异数目;对于无参物种,转录本组装长度更长,有效减少了碎片片段的数量。

可是长读长带来好处的同时,也可能会引发一些问题。为匹配长读长,就需要延长插入片段,减少测到接头的比率,提高数据有效利用率,但简单地延长插入片段往往会使测序引入随机性偏向等问题。

为此,我们进行了严谨的优化研发,试验各种建库参数,充分检测每个指标,测试了人标品UHRR、大鼠、小鼠、鸡、拟南芥和玉米等多个物种,设置样品建库重复2次,与N平台在同等读长与数据量下进行比较,对下机数据进行全方位测评,结果如何呢?

1、基因组和基因比对率高。多个物种BGISEQ PE150平均基因组比对率89.37%,比N平台高3.02个百分点;基因比对率76.18%,比N平台高0.19个百分点(图1)。

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图1 多个物种基因组和基因比对率统计

2、基因与转录本检出数高,检测灵敏度高。多个物种BGISEQ PE150平均比N平台多检出193个基因,956个转录本(图2)。

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图2 多个物种基因和转录本检出数统计

3、与qPCR相关性高,定量准确性高。BGISEQ PE150人标品UHRR两个重复与qPCR相关性都高,均大于0.88(图3)。

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图3 人标品UHRR两个建库重复与qPCR相关性

4、可变剪切检出数多。PE150读长有利于获得更好可变剪结果,以人标品UHRR、大鼠、小鼠及拟南芥为例,BGISEQ PE150平均比N平台多检出471个可变剪切事件(图4)。

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图4 人标品UHRR、大鼠、小鼠及拟南芥可变剪切检出数

5、组装长度和完整性优。PE150读长有利于获得更好组装结果,BGISEQ PE150组装长度与完整性优于N平台,以人标品UHRR为例,组装总长度多15%,N50长度多5%。Duplicate reads比例仅是N平台的一半不到(图5)。

表1 人标品UHRR组装结果统计

Sample

Total Number

Total Length

Mean Length

N50

N70

N90

BGISEQ-1

248701

242015695

973

2679

1339

300

BGISEQ-2

246491

242460517

983

2716

1356

304

N平台

223518

210495605

941

2570

1278

288

 

表2 Duplication统计表

Sample

total reads

duplicate reads

clean rate (%)

BGISEQ-1

34886471

3438178

94.27

BGISEQ-2

34886471

3438178

94.27

N平台

34193367

7750724

86.68

 6

图5 人标品UHRR组装完整性评价

6、技术重复性高,与N平台间相关性高。各样本BGISEQ PE150均表现很高。以大鼠为例,一个样品建库两次,分别上机测序,建库与测序的技术重复性近乎100%,与N平台相关性高达0.982(图6)。

7

图6 以大鼠为例的技术重复性和与N平台间相关性

 

小结:

长文库完美匹配长读长,质量上,多物种多项评测结果均表现优异且稳定;而且,周期上,更高效,自动化建库只需2天,PE150测序只需4天。

 

二、BGISEQ测序平台,安心之选——无index hopping担忧,百余篇文章共同见证

1、道不同,BGISEQ无index hopping担忧

基于ExAmp(排他性扩增)的测序平台(例如HiSeq 3000/4000、HiSeq X Ten以及NovaSeq)的index hopping问题总会让样本戴错帽子[1-7],尤其是对那些低表达基因定量、低频突变检测,结果影响更剧烈。对于转录组这种数据量小、一条lane 混合样本数多的产品来说,可能更是一个大问题!且目前转录组尚无很好的改善办法。

从原理上不同,华大自主测序系列平台BGISEQ,利用独特的DNA纳米球(DNB)技术,基于滚环复制(RCR)进行文库扩增,以一个单链模板DNA进行环化建库,在环化步骤中,所有那些非环化的DNA将被消化,且采用线性扩增,扩增错误不会累积,众多拷贝来源于一个模板,不会像桥式PCR一样累积呈指数型放大。2018年6月11日《bioRxiv》发表了文章 [8]指出BGISEQ仅使用单个index就实现了0.0001%至0.0004%低样本错误分配率。BGISEQ平台的趋于0的index hopping比例,不仅可以有效避免样本的“张冠李戴”,还可保证低表达基因定量的准确性。

8

图7 文章中图3 BGISEQ平台的index hopping结果

 

2、百余篇文章发表,顶级期刊认可,共同为BGISEQ测序打Call

BGISEQ平台发表文章已超过115篇,其中转录组和RNA-Seq在《Nature》、《Cell》、《Immunity》、《Nature Neuroscience》、《Cell Research》等顶级期刊都发表过多篇文章。

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图8 BGISEQ转录组和RNA-Seq 发表过的顶级期刊

 

三、BGISEQ 真核转录组PE150优质数据,用Dr. Tom做个性化分析,自由有深度

使用Dr. Tom交互式系统,做个性化分析,不仅更自由便捷,更能解决做个性化分析的终极问题——助您更轻松地发现解释生物学问题的核心基因。

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图9 Dr. Tom交互式系统特色

文末福利!

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新组合免费升级:长片段文库+PE150测序+标准及高级信息分析+Dr. Tom 交付和6个月使用权

说明:新签项目价格同BGISEQ PE100。已签BGISEQ PE100项目在样品建库前免费升级PE150新组合,需提供合同编号。活动详情请联系当地销售代表,活动最终解释权归华大基因所有。

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参考文献:

[1] Illumina. Effects of Index Misassignment on Multiplexing and Downstream Analysis (white paper). 4 (2017). doi:10.1101/125724.

[2] Macconaill L E, Burns R T, Nag A, et al. Unique, dual-indexed sequencing adapters with UMIs effectively eliminate index cross-talk and significantly improve sensitivity of massively parallel sequencing[J]. BMC Genomics, 2018, 19(1):30.

[3] Sinha, R, Stanley G, Gulati GS, et al. Index Switching Causes “Spreading-Of-Signal” Among Multiplexed Samples In Illumina HiSeq 4000 DNA Sequencing. bioRxiv,125724 (2017). doi:10.1101/125724.

[4] Costello M, Fleharty M, Abreu J, et al. Characterization and remediation of sample index swaps by non-redundant dual indexing on massively parallel sequencing platforms. BMC Genomics, 2018 May 8;19(1):332.

[5] Griffiths J A, Lun A T L, Richard A C, et al. Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data:[J]. Nature Communications, 2018, 9.

[6] Vodák D, Lorenz S, Nakken S, et al. Sample-Index Misassignment Impacts Tumour Exome Sequencing.[J]. Scientific Reports, 2018, 8(1):5307.

[7] Van der Valk, T, et al. Low rate of index hopping on the Illumina HiSeq X platform. bioRxiv 179028 (2018). doi:10.1101/179028.

[8] Li Q, Zhao X, Zhang W, et al. Reliable Multiplex Sequencing with Rare Index Mis-Assignment on DNB-Based NGS Platform. bioRxiv, 2018: 343137.