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别人家的文库也能上DNBSEQ测序,无损兼容,数据更真实!

DNBSEQ平台的核心竞争力体现在,采用独特的线性扩增技术,每次扩增都是以原始的DNA单链环为模板,有效地避免了PCR扩增错误指数积累的问题,保证测序的高保真性,因此上机文库为独特的环状文库,区别于市场上其他商业建库试剂盒构建的线性文库。(注:BGISEQ-500、MGISEQ-2000等华大自主测序平台都是基于DNBSEQTM技术,所以统称为DNBSEQ平台。)


也正因为这种独特的优势,DNBSEQ平台拥有高准确度和敏感度、超低Dup率、无index hopping担忧,已经助力500多篇高质量文章发表、多次上榜《Nature》《Cell》等高分期刊

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很多老师都被DNBSEQ平台强大的性能吸引了,但又担心新的建库方法太难操作,如果用了市场上其他的商业试剂盒建库,还能用DNBSEQ平台测序吗?

放心,完全没问题,不仅能测,数据表现还更优秀!科技君这就从原理和数据上向您一一介绍!(文末有惊喜!


一、原理上,环化没有改变接头和序列

用通用文库转换试剂将其他商业试剂盒构建的线性文库,转换成兼容华大测序平台的单链环状DNA文库,上DNBSEQ平台测序。


如图1所示,通用文库转换试剂的引物与线性文库两端接头序列互补,双链变性成单链并环化,得到环状文库,随后以环状文库为模板扩增,因而环化过程只是对文库环化,没有对接头进行替换或增加,文库序列没有变化。

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图1 线性文库环化后在DNBSEQ平台测序


二、数据上,更多的真实InDel,超低Dup rate

1.测序准确性高。

DNBSEQTM技术的核心为DNB (DNA Nanoball,DNA纳米球)测序技术,采用独特的线性扩增模式,始终以同一条DNA为模板,避免了指数扩增带来的错误累积,有效提高测序准确度。


文库环化后上DNBSEQ平台测序(文库环化-1、文库环化-2),Q30和基因组比对率都很高,与DNBSEQ文库直接测序的结果相当。这说明文库环化是无损兼容的。

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图2 不同文库Q值、GC含量和基因组比对率比较

2.检测到更多的真实InDel。

PCR扩增反应常伴有碱基错配、复制滑动等事件发生,导致转换、颠换、插入、缺失等类型的碱基序列复制错误。DNBSEQTM使用扩增错误率极低的DNA聚合酶进行线性等温滚环扩增,并且始终以同一条DNA分子为模板,即使有复制错误也很难积累,从而降低InDel测序的错误率。

文库环化后,DNBSEQ测序检测到的真实InDel数量及InDel检测的灵敏性表现与DNBSEQ文库相当,并明显好于其他平台。这说明文库环化是无损兼容的,同时保留了DNBSEQ平台数据更真实的优势。

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图3 不同文库的高置信区真实InDel数量及检测灵敏性比较

3.Dup率低,可用数据多。

Dup即重复序列duplicate reads,指通过测序得到两对或两对以上的Pair-End Reads同时比对到参考基因组上相同的起始和结束位置的序列。这些重复序列在总测序序列中占比,称为dup率(dup rate)。

DNB在溶液里面完成制备,在loading过程中没有聚合酶、引物和dNTP等PCR条件,所以DNBSEQ平台的dup率很低。文库环化后,DNBSEQ测序得到的dup率低至1.25%,明显比在其他平台测序低(11.03%)。这说明文库环化保留了DNBSEQ平台低dup rate独特优势。

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图4 不同文库的Duplicate rate(%)比较

4.多种文库类型都能做。

多种文库类型都可以上DNBSEQ平台测序哟,不用担心受限制。

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图5 多种文库类型都可以在DNBSEQ平台测序

*不仅限于以上文库

*以上展示数据均为文库环化后在DNBSEQ平台测序数据


原理简单明了,数据结果有保障!线性文库上DNBSEQ平台测序,无损兼容环化,更保留DNBSEQ平台的独特优点,数据更胜一筹!


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