新品发布 | CRISPR全基因组脱靶检测重磅上线，助力基因编辑基础研究！
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自问世以来，CRISPR/Cas9基因编辑技术在生命科学领域掀起了一场全新的技术革命，现已成为当下最热门的基因编辑技术。虽然目前对于CRISPR/Cas9系统的研究及开发越来越多，但它们的广泛应用一直受到脱靶效应的阻碍。
专心科研的小A：脱靶效应对于CRISPR基因编辑真的有那么严重影响吗？
专心科研的小A：那全基因组脱靶检测的优势有哪些呢？
- 无偏向，具有筛选所有潜在脱靶位点的能力[1]
- 对SNP/InDel检测具有最高的灵敏度和精密度[2]
- 无细胞模型限制[3]
- 简单的实验设计[3]
脱靶基因检测对于CRISPR基因编辑技术的应用有着重要的作用，随着测序技术的不断提升和测序成本的迅速下降，全基因组测序（WGS）被认为将取代扩增子测序成为基因编辑监测主流工具。
本次，华大科技重磅推出新品——CRISPR全基因组脱靶检测，能更高效完成CRISPR基因编辑的脱靶效应检测，助力基因编辑基础研究和临床应用快速发展。
专心科研的小A：能看看脱靶检测具体展示报告吗？
科技君：当然！除基础分析外，CRISPR全基因组脱靶检测还包括脱靶位点检测：gRNA同源区域分析，变异检测以及可视化展示。
运用GATK软件检测case和control样品的SNP和InDel，筛选出同源区域的突变，并进一步过滤，结果视为潜在的脱靶位点或靶点。部分结果展示如下：
表1 groupA潜在脱靶位点结果（部分结果）
Seq logo展示了潜在脱靶位点所在的sgRNA同源区域序列的碱基组成。它以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的碱基，每个位置上碱基的累积可以反映出该位置上碱基的一致性。每个碱基对应图形字符的大小与碱基在该位置上出现的频率成正比。
图1 潜在脱靶位点所在sgRNA同源区域碱基组成（groupA）
横坐标是同源区域序列的碱基位置。纵坐标“Bits”代表香农熵（Shannon entropy），是对位置无序程度进行衡量。在这里熵值越小，代表离散性越大，信息量越大。“Proportion”代表相应碱基的构成比例。
参考文献：
[1] Chen S, Yao Y, Zhang Y, Fan G. CRISPR system: Discovery, development and off-target detection. Cell Signal. 70:109577(2020).
[2] Foox, J., Tighe, S.W., Nicolet, C.M. et al. Performance assessment of DNA sequencing platforms in the ABRF Next-Generation Sequencing Study. Nat Biotechnol 39, 1129–1140 (2021).
[3] Dong Y, Li H, Zhao L. et al. Genome-Wide Off-Target Analysis in CRISPR-Cas9 Modified Mice and Their Offspring. G3 (Bethesda).;9(11):3645-3651(2019).
