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新品发布 | CRISPR全基因组脱靶检测重磅上线,助力基因编辑基础研究!

新品上线,签约即享8折优惠!


自问世以来,CRISPR/Cas9基因编辑技术在生命科学领域掀起了一场全新的技术革命,现已成为当下最热门的基因编辑技术。虽然目前对于CRISPR/Cas9系统的研究及开发越来越多,但它们的广泛应用一直受到脱靶效应的阻碍。


专心科研的小A:脱靶效应对于CRISPR基因编辑真的有那么严重影响吗?

科技君:脱靶现象的存在很大程度上阻碍了CRISPR技术在生产实践中的应用,该现象可能会给宿主生物带来严重的问题。脱靶可导致染色体重排,导致不完全匹配的基因组位点受损,限制了基因编辑在治疗中的应用。


专心科研的小A:那全基因组脱靶检测的优势有哪些呢?

科技君:分别有以下四点👇

  1. 无偏向,具有筛选所有潜在脱靶位点的能力[1]
  2. 对SNP/InDel检测具有最高的灵敏度和精密度[2]
  3. 无细胞模型限制[3]
  4. 简单的实验设计[3]


脱靶基因检测对于CRISPR基因编辑技术的应用有着重要的作用,随着测序技术的不断提升和测序成本的迅速下降,全基因组测序(WGS)被认为将取代扩增子测序成为基因编辑监测主流工具。

本次,华大科技重磅推出新品——CRISPR全基因组脱靶检测,能更高效完成CRISPR基因编辑的脱靶效应检测,助力基因编辑基础研究和临床应用快速发展。


专心科研的小A:能看看脱靶检测具体展示报告吗?

科技君:当然!除基础分析外,CRISPR全基因组脱靶检测还包括脱靶位点检测:gRNA同源区域分析,变异检测以及可视化展示。


运用GATK软件检测case和control样品的SNP和InDel,筛选出同源区域的突变,并进一步过滤,结果视为潜在的脱靶位点或靶点。部分结果展示如下:

表1 groupA潜在脱靶位点结果(部分结果)

图1


Seq logo展示了潜在脱靶位点所在的sgRNA同源区域序列的碱基组成。它以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的碱基,每个位置上碱基的累积可以反映出该位置上碱基的一致性。每个碱基对应图形字符的大小与碱基在该位置上出现的频率成正比。

图2

图1 潜在脱靶位点所在sgRNA同源区域碱基组成(groupA)

横坐标是同源区域序列的碱基位置。纵坐标“Bits”代表香农熵(Shannon entropy),是对位置无序程度进行衡量。在这里熵值越小,代表离散性越大,信息量越大。“Proportion”代表相应碱基的构成比例。


CRISPR全基因组脱靶检测-202211-v2


参考文献:

[1] Chen S, Yao Y, Zhang Y, Fan G. CRISPR system: Discovery, development and off-target detection. Cell Signal. 70:109577(2020).

[2] Foox, J., Tighe, S.W., Nicolet, C.M. et al. Performance assessment of DNA sequencing platforms in the ABRF Next-Generation Sequencing Study. Nat Biotechnol 39, 1129–1140 (2021).

[3] Dong Y, Li H, Zhao L. et al. Genome-Wide Off-Target Analysis in CRISPR-Cas9 Modified Mice and Their Offspring. G3 (Bethesda).;9(11):3645-3651(2019).


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