logo

logo

产品服务

Sequencing services

  • 首页长链非编码 RNA 测序

长链非编码 RNA 测序

      LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。                                                                                                                             


产品优势

1.  超高的技术稳定性

同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;

2.  丰富的项目经验

已完成万例lncRNA项目,涉及人鼠及动植物物种;

3.  精湛的技术工艺

可承接人、鼠、动植物样品,外泌体、FFPE等,样品起始量低至20ng;

4.  Dr.Tom多组学数据挖掘系统交付,分析无忧

一次测序即可获得mRNA、lncRNA、circRNA及关联数据分析结果;

10大数据库注释,多维度结果图片展示,数据图表循环挖掘;

ceRNA、蛋白、共表达、关键驱动基因互作网络分析可视化;

系统随时更新文献信息,查基因得文献,便于文章撰写;

5.  严格的质量管理

实验全程采用全方位质控体系,应用质量管理体系金标准;

6.  贴心的售后支持

7*24小时全天候技术支持,第一时间响应客户需求。

产品应用

1. 细胞分化和发育调控机理的研究

2. 疾病标志物的寻找

3. 疾病的分子诊断

4. 基因药物的研发

信息分析内容

标准信息分析(circRNA仅限人、小鼠)

1、基本数据统计

① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息

② 样品相关性

③ 表达量分布

④ RNA分类

2、参考基因组比对

3、lncRNA、mRNA、circRNA鉴定

4、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析

5、lncRNA、mRNA、circRNA差异表达分析(样本间、组间)

6、lncRNA、mRNA、circRNA表达/差异基因聚类

7、mRNA差异基因GO分类、富集

8、mRNA差异基因KEGG分类、富集

9、mRNA结构分析

① 可变剪切分析

② 融合基因分析(仅限人)

高级信息分析

一)数据库注释

1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)

2、GSEA分析

3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释

二)互作网络分析

1、  靶基因分析

① miRNA-mRNA靶向关系分析

② lncRNA-mRNA靶向关系分析

2、  ceRNA互作网络分析

3、  蛋白互作网络分析

4、  共表达互作网络分析

三)特色分析

1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)

2、关键驱动基因网络图分析

3、时间序列分析


华大lncRNA biomarker研究——鉴定细胞遗传学正常的急性骨髓白血病有效biomarker

                                                                                           Haematologica. 2017 Oct;102(10):1718-1726.

研究目的:寻找细胞遗传学正常的急性骨髓白血病鉴定有效biomarker

研究样本:40例细胞遗传学正常的急性髓样白血病患者样本测序;134个样本进行验证

研究技术:去核糖体、链特异性建库测序

研究结果:对11036个lncRNA进行定量,其中大于8000个为新lncRNA。通过聚类方法分析(Using unsupervised analysis),发现一个突变基因NPM1表达的特殊lncRNA. 且通过数据统计分析发现有突变NPM1基因患者和无突变的对照组表达差异的12个lncRNA,并通过Qrt-PCR对135个独立患者进行定量验证。另外,鉴定到NPM1基因突变患者中一个显著低表达biomarker- XLOC_109948。 

研究思路:

                            F1


详细结果:

1、使用分层聚类无监督分析手段,对11036个lncRNA进行分类研究,主要可分为两大类(见图1);在小群体(40例)和大群体(134例)中都有显著分类情况,说明NPM1突变的病人lncRNA表达差异显著。

                                        案例图1

2、为缩小鉴定特异性lncRNA范围,使用Sparse PLS-DA方法,对31个显著差异表达的lncRNA进一步分析,鉴定12个lncRNA可用于区分NPM1突变病人和非突变病人。在40例和134例患者中都可进行区分(见图2)。

                                      案例图2

3、为进一步寻找可靠biomarker,使用ROC生存曲线方法对每一种lncRNA进行验证,发现只有XLOC_005798和XLOC_109948在40例样本中可作为较好的biomarker,能够通过总生存数和无病生存率数据直接进行区分。在134个样本中进行验证,验证发现XLOC_109948能够有效区分。低表达XLOC_109948的病人有较高存活率,高表达则较低存活率(见图3B)。

                                   案例图片3





图1  lncRNA差异靶基因的聚类热图和KEGG功能富集图



图2   差异表达lncRNA与靶基因的蛋白互作和共表达互作网络图

鼠标指连接线,可以立即展示相关文献信息


表1  lncRNA组织样品送样建议

组织类型

具体要求

新鲜培养细胞(细胞数)

≥2×105 cell

新鲜动物组织干重

≥30 mg

全血

≥1 mL 全血收集的淋巴细胞

≥1 mL Paxgene Blood RNA tube / RNAprotect® Animal Blood Tubes收集的全血

菌体(细胞数或干重)

≥2×10cell or ≥30 mg

FFPE

≥5片,未染色,100 mm2,5-10 μm厚度


表2  lncRNA测序样品判定标准

样本类型

总量

浓度

RIN

28S/18S

基线和 5S

纯度

Total RNA
(Animals)

≥1 μg

≥40 ng/μL

RIN≥7.0

28S/18S≥1.0

基线平整,5S 峰正常

无 DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

Total RNA
(Fungi)

≥1 μg

≥40 ng/μL

RIN≥6.5

28S/18S≥1.0

Total RNA
(human/Rat)

≥200ng

≥20 ng/μL

RIN≥7.0

23S/16S≥1.0

FFPE RNA

≥1 μg

≥70 ng/μL

RIN≥2.0

DV200≥30%

Total RNA (Insect)

≥1 μg≥40 ng/μLNA



Q1:什么是长链非编码RNA?以及它们的作用?

哺乳动物基因组序列的约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用[1]。

Q2:长链非编码RNA的建库方案是什么?

长非编码RNA建库主要采用去除rRNA,构建链特异性文库,目前建库比较稳定。适用于人、鼠、动植物等物种。

Q3:长链非编码RNA主要签约风险有哪些?

rRNA去除效率不稳定,rRNA比例可能较高;只去除rRNA较适用于有良好参考基因组的项目,后续可以通过比对区分编码和非编码序列。

Q4:在信息分析中主要运用到的软件有哪些?

Tophat和Cufflinks(构建转录本),Infernal(家族分类),CPC(对转录本编码能力进行预测),Blast(比对),SOAP(过滤实验中未去除干净的rRNA,及lncRNA表达定量比对)。

Q5:长链非编码RNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗?

可以,长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库,对所获得的RNA进行打断测序,相当于获得全部RNA,即可以进行分析环状RNA表达情况,可应用于分析各物种环状RNA表达谱。

Q6:LncRNA测序数据中mRNA的定量效果如何?

人标品:已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.88。


深圳华大科技(总部)

电话:400-706-6615
邮箱:info@genomics.cn