蛋白质全谱研究

全谱分析指的是蛋白质组分分析，它的对象是完整的组织、血液、体液或其提取物，其目的在于识别出样品中尽可能多的肽和蛋白质混合物的组分。基于质谱技术的全谱分析，可以为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。此外，可以用全谱分析的数据和转录组的数据结合，相互补充并共同验证基因注解。

差异蛋白质组学研究

研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标，称为差异蛋白质组研究。或者是对重大生命过程或重大疾病的比较蛋白质组（Comparative proteomics)或亚蛋白组研究。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。

可以说差异蛋白质组学是结构蛋白质组学研究的一个分支，这类研究，现在正获得国内外蛋白质组学众多研究者日益增多的关注，其主要原因如下：第一，差异蛋白质组学的研究在技术上有更高的可实现性。第二，差异蛋白质组学反映了蛋白质的动态本质。第三，差异蛋白质组学具有广泛和明确的应用前景。

修饰蛋白质组学

随着学科的发展，蛋白质组学的研究范围也在不断完善和扩充。蛋白质翻译后修饰研究已成为蛋白质组研究中的重要部分和巨大挑战，即为修饰蛋白质组学。

目前已进行规模化研究的蛋白质翻译后修饰主要有四大类，其中磷酸化和糖基化研究较多。如蛋白质的磷酸化修饰、糖基化修饰、泛素化修饰、基于蛋白质氧化还原状态进行的氧化还原修饰和其它修饰像乙酰化、甲基化、脂基化修饰等。

定量蛋白质组学

定量蛋白质组学是对一个基因组表达的蛋白质或一个复杂的混合体系内所关注的蛋白质进行精确定量，并通过全面的生物信息分析对所得数据进行整合，以期获得目的蛋白质的功能信息。

目标蛋白质组

基于质谱多反应监测 (Multiple Reaction Monitoring, MRM) 技术的目标蛋白质组分析，可发现更多的低丰度蛋白质、鉴定蛋白质翻译后修饰、监测高丰度同源蛋白亚型、验证生物标志物，以及蛋白质与 RNA 相互作用关系的研究。

蛋白应用软件

质谱平台有 30 多名具有丰富设计与开发经验的生物信息专业技术与分析人员，主要负责大规模蛋白组数据的处理、分析与深层开发。依托华大基因研究院的高性能计算平台及其自主开发的多种数据分析软件平台，应用蛋白质组分析专用软件 Mascot，ProteinPilot，Proteome Discoverer，MRMPilot，MarkerView，MaxQuant，TPP，pFind，pLink，blast2go 等从 SWISS-PROT、TreEMBL、NCBI、Uniprot 等数据库中进行蛋白的序列分析 蛋白结构分析、蛋白注释、生物学通路等分析。为大量的数据产出、处理和分析提供技术支持。