单细胞RNA测序：技术要点与实践

课程简介：

单细胞RNA测序技术的发展趋势；单细胞悬液的制备及冻存方法；流式分选对单细胞测序实验的有效帮助；如何通过优选实验方案来减少扩增偏向；实验质控和记录的注意事项；性价比更高的单细胞文库测序平台DNBseq

课程问题解答：

Q：怎么去除双胞的数据？ 

A：没有绝对准确的办法识别双胞数据。10x建议有以下两个方案：1. One could infer doublets in a single species case if there are known cell-type specific markers. 2. One could also evaluate the R package, Seurat, which has some functionality for flagging cells with a clear outlier number of UMIs or genes detected. 即通过细胞特异marker识别，或过滤掉检出基因数过多的细胞。

Q：10x一条line测序大概可以测多少个细胞？双胞率多少正常？对于双胞率过高的，具体怎么处理？ 

A：在数据饱和的前提下，检出细胞数取决于上样细胞数及细胞悬液质量。双胞率可参考官方技术手册。

Q：流式法和磁珠法分选细胞，有何优劣势？

A：MACS操作相对简单，设备成本低，细胞回收效率较低。FACS则可以同时检测多个标记，分选纯度更高。华大科技引进的SONY流式细胞分选平台，在保证分选纯度的同时，通过专利技术降低分选过程对细胞的损伤，并支持各种收集管耗材，还可以实现索引分选。