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长链非编码 RNA 测序
LncRNA高通量测序，采用去核糖体链特异性建库方法，对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）所有大RNA转录本数据信息，可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。
产品优势
1. 超高的技术稳定性
同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993；
2. 丰富的项目经验
已完成万例lncRNA项目，涉及人鼠及动植物物种；
3. 精湛的技术工艺
可承接人、鼠、动植物样品，外泌体、FFPE等，样品起始量低至20ng；
4. Dr.Tom多组学数据挖掘系统交付，分析无忧
一次测序即可获得mRNA、lncRNA、circRNA及关联数据分析结果；
10大数据库注释，多维度结果图片展示，数据图表循环挖掘；
ceRNA、蛋白、共表达、关键驱动基因互作网络分析可视化；
系统随时更新文献信息，查基因得文献，便于文章撰写；
5. 严格的质量管理
实验全程采用全方位质控体系，应用质量管理体系金标准；
6. 贴心的售后支持
7*24小时全天候技术支持，快速响应客户需求。
产品应用
1. 细胞分化和发育调控机理的研究
2. 疾病标志物的寻找
3. 疾病的分子诊断
4. 基因药物的研发
信息分析内容
标准信息分析（circRNA仅限人、小鼠）
1、基本数据统计
① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息
② 样品相关性
③ 表达量分布
④ RNA分类
2、参考基因组比对
3、lncRNA、mRNA、circRNA鉴定
4、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析
5、lncRNA、mRNA、circRNA差异表达分析（样本间、组间）
6、lncRNA、mRNA、circRNA表达/差异基因聚类
7、mRNA差异基因GO分类、富集
8、mRNA差异基因KEGG分类、富集
9、mRNA结构分析
① 可变剪切分析
② 融合基因分析（仅限人）
高级信息分析
一）数据库注释
1、转录因子注释（AnimalTFDB/PlantTFDB）
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释
二）互作网络分析
1、 靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向关系分析
② lncRNA-mRNA靶向关系分析
2、 ceRNA互作网络分析
3、 蛋白互作网络分析
4、 共表达互作网络分析
三）特色分析
1、外部数据库关联分析（TCGA、ARCHS4）
2、关键驱动基因网络图分析
3、时间序列分析
lncRNA疾病标志物鉴定——CCR7趋化因子受体诱导的Inc-Dpf3通过抑制HIF1A-调节的糖酵解来抑制树突状细胞的迁移
Dendritic Cell Migration by Inhibiting HIF-1α-Mediated Glycolysis. Immunity. 2019 Mar 19;50(3):600-615.e15.
研究概要：
CCR7趋化因子受体刺激诱导快速但短暂的树突状细胞（DC）向引流淋巴结转移，这对于启动保护性免疫和维持免疫稳态至关重要。终止CCR7介导的DC迁移的机制仍不完全了解。本次研究发现了一个长链非编码RNA lnc-Dpf3，能够抑制CCR7介导的DC迁移。 在CCR7刺激下lnc-Dpf3的表达上调。DC特异的lnc-Dpf3的缺乏，导致CCR7介导的DC迁移增强，导致过度的适应性免疫反应和炎症性损伤。机制研究表明，CCR7刺激激活了DC中的HIF-1a转录因子途径，从而导致代谢重新编程为糖酵解以促进DC迁移。 lnc-Dpf3直接与HIF-1a结合并抑制糖酵解基因Ldha的HIF-1a依赖性转录，从而抑制DC糖酵解代谢和迁移能力。该研究证明了CCR7诱导型lnc-Dpf3在表观遗传和代谢途径与反馈控制DC迁移和炎症反应耦合中的关键作用。
研究策略：
研究样本：lnc-Dpf3 沉默和对照组的CCL19和CCL12刺激12小时的成熟的骨髓来源的树突细胞
研究技术：DNBSEQ 长链非编码RNA测序，免疫印记分析，流式分选，RT-PCR，RNA干扰
研究结果：
1. lnc-Dpf3抑制CCR7介导的DC迁移，lnc-Dpf3缺失导致CCR7介导的DC细胞迁移增强
通过lncRNA表达谱分析，在CCR7刺激的成熟的树突细胞中检测到34个差异lncRNA，对上调的18个lncRNA进行了qRT-PCR分析，发现其中6个在CCR7刺激后显著上调。对这6个lncRNA进行RNA干扰介导的功能筛选，研究人员发现了一条新长链非编码RNA lnc-Dpf3,并通过一系列功能学试验证明了该lncRNA在DC迁移调控中的作用。在趋化因子CCR7的刺激下，lnc-Dpf3的表达上升，并通过反馈性抑制下调了DC细胞向炎症部位的迁移。在DC条件性缺失lnc-Dpf3的小鼠中，CCR7所介导的DC细胞迁移增强，继而引发了更加严重的免疫炎症反应。
图1. lnc-Dpf3负调控CCR7依赖性树突状细胞迁移
2. lnc-Dpf3所参与的分子调控机制研究
在静息状态下的DC细胞中，转录后的lnc-Dpf3分子上带有m6A修饰。这些表观遗传学标记被Ythdf2蛋白特异性识别，进而引起lnc-Dpf3分子的降解；CCR7的刺激则会引起m6A的去甲基化，上调lnc-Dpf3在DC内的表达水平。进一步的转录组测序结果表明lnc-Dpf3与CCR7介导的转录因子HIF-1a活化息息相关。lnc-Dpf3的高水平表达抑制了HIF-1a引起的糖酵解，从而最终负向调控了树突状细胞的体内迁移。
图2. lnc-Dpf3通过抑制hif -1a依赖的糖酵解来抑制DC迁移
图1 lncRNA差异靶基因的聚类热图和KEGG功能富集图
图2 差异表达lncRNA与靶基因的蛋白互作和共表达互作网络图
鼠标指连接线，可以立即展示相关文献信息
表1 lncRNA组织样品送样建议
组织类型 | 具体要求 |
新鲜培养细胞（细胞数） | ≥2×105 cells |
新鲜动物组织干重 | ≥25 mg |
新鲜植物组织干重 | 嫩叶、嫩茎≥100 mg， 根、果实、种子、花等 |
全血（哺乳动物） | ≥1 mL 全血分离的白细胞或 ≥1 mL PAXgene® Blood RNA Tube收集的全血 |
全血（非哺乳动物） | ≥0.1 mL 全血分离的白 |
FFPE | ≥5片，未染色，100 mm2，5-10 μm厚度 |
表2 lncRNA测序样品判定标准
|
样本类型 |
总量 |
浓度 |
RIN |
28S/18S |
基线和 5S |
纯度 |
|
Total RNA (human/mouse/rat) |
≥200 ng |
20-500
ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
基线平整， 5S 峰正常 |
无 DNA，蛋白/ 盐离子等污染， 样本无色透明 不粘稠，细胞样本无 16S
和 23S 峰。 |
|
Total RNA (Cell：human/mouse/rat) |
≥200 ng |
20-500
ng/μL |
RIN≥7.0 |
28S/18S≥1.0 |
||
|
Total
RNA (Plant) |
≥1 μg |
40
-1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
||
|
Total RNA(Animal) |
≥1 μg |
40 -1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
||
|
Total RNA (Insect) |
≥1 μg |
40
-1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
N/A |
||
|
FFPE
RNA |
≥200 ng |
70-500 ng/μL |
RIN≥2.0 |
DV200≥45% |
N/A |
N/A |
Q1：什么是长链非编码RNA？以及它们的作用？
哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面：第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其他RNA的调控作用[1]。
Q2：长链非编码RNA的建库方案是什么？
长链非编码RNA建库主要采用去除rRNA，构建链特异性文库，目前建库比较稳定。适用于人、鼠、动植物等物种。
Q3：长链非编码RNA主要签约风险有哪些？
rRNA去除效率不稳定，rRNA比例可能较高；只去除rRNA较适用于有良好参考基因组的项目，后续可以通过比对区分编码和非编码序列。
Q4：在信息分析中主要运用到的软件有哪些？
Tophat和Cufflinks（构建转录本），Infernal（家族分类），CPC（对转录本编码能力进行预测），Blast（比对），SOAP（过滤实验中未去除干净的rRNA，及lncRNA表达定量比对）。
Q5：长链非编码RNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗？
可以，长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库，对所获得的RNA进行打断测序，相当于获得全部RNA，即可以进行分析环状RNA表达情况，可应用于分析各物种环状RNA表达谱。
Q6：LncRNA测序数据中mRNA的定量效果如何？
人标品：已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.88。
