产品简介
lncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。
① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息
② 样品相关性
③ 表达量分布
④ RNA分类
2. 参考基因组比对
1、lncRNA、mRNA、circRNA鉴定
2、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析
3、lncRNA、mRNA差异表达分析(样本间、组间)
4、lncRNA、mRNA表达/差异基因聚类
5、mRNA差异基因GO分类、富集
6、mRNA差异基因KEGG分类、富集
7、mRNA结构分析
① 可变剪切分析
② 融合基因分析(仅限人)
8、可选:如需circRNA差异表达分析与表达/差异基因聚类分析,可基于交付数据自行在Dr. Tom系统上操作
高级信息分析
一)数据库注释
1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释
二)互作网络分析
1、靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向关系分析
② lncRNA-mRNA靶向关系分析
2、蛋白互作网络分析
3、共表达互作网络分析
三)特色分析
1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)
2、关键驱动基因网络图分析
3、时间序列分析