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长链非编码RNA测序

产品简介

lncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。       

                                                                                                                      

 

 
  1. 基本数据统计

① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息

② 样品相关性

③ 表达量分布

④ RNA分类

 

2. 参考基因组比对

1、lncRNA、mRNA、circRNA鉴定

2、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析

3、lncRNA、mRNA差异表达分析(样本间、组间)

4、lncRNA、mRNA表达/差异基因聚类

5、mRNA差异基因GO分类、富集

6、mRNA差异基因KEGG分类、富集

7、mRNA结构分析

① 可变剪切分析

② 融合基因分析(仅限人)

8、可选:如需circRNA差异表达分析与表达/差异基因聚类分析,可基于交付数据自行在Dr. Tom系统上操作

 

高级信息分析

 

一)数据库注释

1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)

2、GSEA分析

3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释

 

二)互作网络分析

1、靶基因分析

① miRNA-mRNA靶向关系分析

② lncRNA-mRNA靶向关系分析

2、蛋白互作网络分析

3、共表达互作网络分析

 

三)特色分析

1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)

2、关键驱动基因网络图分析

3、时间序列分析

 

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