产品介绍
细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段,根据不同的测序策略,构建对应大小文库,然后进行大规模测序。最终的组装水平根据研究的需要和细菌本身的特点而定,其中最高的指标是一条contig,即基因组的完整序列。
在组装的基础上,进行基因组组分分析,功能注释等分析,推测ORF是否为真实蛋白编码序列,检查功能位点,分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能,细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制;在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等;在研究细菌进化方面,可以研究种内进化关系。
产品优势
多平台:短读长测序和长读长测序联合组装,打造"极致完成图"
组装指标高:极致完成图0 gap,1 contig,准确还原基因组原始状态(是否成环)
准确度高:短读长测序数据纠错,组装结果准确度高
交付快速:有完善的分析流程,一键式交付,周期短
附加值高:结题报告文章化,深入挖掘基因组信息
提取经验丰富:有丰富的样本提取经验,提取DNA质量高
经验丰富:已完成上万个细菌de novo项目,发表细菌基因组文章200+
定制化服务:依据客户需求定制实验和信息分析方案
结题报告解读:提供内容详细结题报告解读视频,轻松看懂各种复杂结果
测序策略
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| 小片段文库 | PacBio/Nanopore文库 |
细菌de novo | 初级组装 | 1 Gb | - |
完成图 | 1 Gb | 1 Gb |
信息分析内容
信息分析条款 | 信息分析内容 |
基因组组分分析 |
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基因功能分析 | ● 通用功能注释(KEGG,Swiss-Prot,COG,GO,Nr) |
比较基因组分析 (需要参考序列) |
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定制化分析 |
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CycloneSEQ细菌完成图重磅上市.jpg