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产品服务

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细菌de novo测序

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产品介绍

 

细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段,根据不同的测序策略,构建对应大小文库,然后进行大规模测序。最终的组装水平根据研究的需要和细菌本身的特点而定,其中最高的指标是一条contig,即基因组的完整序列。

在组装的基础上,进行基因组组分分析,功能注释等分析,推测ORF是否为真实蛋白编码序列,检查功能位点,分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能,细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制;在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等;在研究细菌进化方面,可以研究种内进化关系。

 

产品优势

 

多平台:短读长测序和长读长测序联合组装,打造"极致完成图"

组装指标高:极致完成图0 gap,1 contig,准确还原基因组原始状态(是否成环)

准确度高:短读长测序数据纠错,组装结果准确度高

交付快速:有完善的分析流程,一键式交付,周期短

附加值高:结题报告文章化,深入挖掘基因组信息

提取经验丰富:有丰富的样本提取经验,提取DNA质量高

经验丰富:已完成上万个细菌de novo项目,发表细菌基因组文章200+

定制化服务:依据客户需求定制实验和信息分析方案

结题报告解读:提供内容详细结题报告解读视频,轻松看懂各种复杂结果

技术流程

测序策略

 

 

小片段文库

PacBio/Nanopore文库

细菌de novo

初级组装

1 Gb

-

完成图

1 Gb

1 Gb

 

信息分析内容

 

信息分析条款

信息分析内容

基因组组分分析

  • 基因成分
  • 重复序列
  • 非编码RNA
  • CRISPR
  • 前噬菌体

基因功能分析

● 通用功能注释(KEGG,Swiss-Prot,COG,GO,Nr)
● 动物物病原细菌致病性和耐药性分析(适用动物病原细菌)
1. III型分泌系统效应蛋白(T3SS)预测(革兰氏阴性菌)
2. 综合性抗生素耐药性(CARD)数据库
● 植物病原细菌致病性分析(适用植物病原细菌)
1. III型分泌系统效应蛋白(T3SS)预测(革兰氏阴性菌)
2. 碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释
● 病原菌毒力因子数据库(VFDB)注释

比较基因组分析

(需要参考序列)

  • 结构变异(共线性)
  • 共有基因和特有基因
  • 物种进化(基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树)
  • 基因家族
  • ANI分析

定制化分析

  • 可结合客户的需求,协商确定信息分析内容

 

产品资料

  • CycloneSEQ细菌完成图重磅上市.jpg

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