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细菌重测序
产品概述
基因组重测序是对已知的基因组进行测序，并对个体或者群体样品进行分析的研究。细菌重测序能够分析近源菌种之间的单核苷酸多态性（SNP）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等基因组变异类型。可以为筛查菌株的优良性状，菌株抗药性等研究提供指导与依据。
产品优势
性价比高：低价获得100× coverage 的全基因组数据
附加值高：数据挖掘推荐，数据交付6个月内，提供免费的项目咨询服务
研究内容
数据处理
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 产出数据及质控统计
标准信息分析
1. 比较基因组分析（参考基因组同源性比较、SNP/InDel、物种进化分析）
定制化分析
可结合客户的需求，协商确定信息分析内容
案例一：鼠疫杆菌遗传多样性研究
Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis
期刊：PNAS 发表时间：2013
案例描述：
鼠疫（plague）是鼠疫杆菌（Yersinia pestis,Y pestis）借鼠蚤传播为主的烈性传染病，是广泛流行于野生啮齿动物间的一种自然疫源性疾病，也叫做黑死病。临床上表现为发热、严重毒血症症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向等。鼠疫在世界历史上曾有多次大流行，在3个有记载的大流行期间导致了大约2亿人死亡，因此被冠上"最具毁灭性传染病"的名头。三次大流行第一次发生在公元6世纪，从地中海地区传入欧洲，死亡近1亿人；第二次发生在14世纪，波及欧洲、亚洲和非洲；第三次是18世纪，传播32个国家。14世纪大流行时波及中国。鼠疫杆菌是鼠疫的病原体，过去的研究表明其由于起源较近，遗传多样性非常有限。
结果分析：
- SNP突变率分析
鉴定出的2,326个单核苷酸多态性（SNPs）中有2,298个SNPs，在进化谱系中仅出现过一次，并根据此构建了MSTree。
2. 鼠疫传播路径分析
系统进化树分析结果表明鼠疫起源于中国的青藏高原，其传播途径类似于古代丝绸之路及茶马古道的线路，表明鼠疫的传播与人类活动密切相关。
Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance
期刊：Nature Genetics 发表时间：2013
材料与背景：
中国12个省份的161株结核分枝杆菌（其中44株敏感菌，94株多耐药菌，23株泛耐药菌）
结果分析：
- 通过本项研究，获得了我国临床耐药结核分枝杆菌中已知耐药相关基因的突变情况，新发现了与结核分枝杆菌耐药性相关的72个编码基因和28个基因间隔区的突变；
- 中国地区的结核病人主要受到lineage 2 和lineage 4两系结核分枝杆菌的侵染，而且，其中95%的lineage 2 结核分枝杆菌属于国际上比较关注的北京家族。北京家族的结核分枝杆菌一直被认为有更强的毒性和更容易产生耐药性。
图1. 结核分枝杆菌系统进化分析。从中国12个省份中收集的161结核分枝杆菌的进化分析图。其中，灰色菌株名代表以前公布过的结核分枝杆菌株，蓝色菌株名代表敏感结核分枝杆菌株，黑色菌株名代表多耐药（MDR）结核分枝杆菌株，粉红色菌株名代表广泛耐药（XDR）结核分枝杆菌株。
DNA样本
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样本类型 |
总量 |
浓度 |
完整性（胶图） |
纯度 |
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基因组DNA |
1 μg |
12.5 ng/μl |
主峰＞20Kb |
无蛋白，RNA/盐离子等污染，样本无色透明不粘稠 |
